姉妹JCとは、青年会議所に加盟している2つ以上の会員会議所相互間の姉妹関係をいいます。JCIの信条に則り、経済、文化等に関する交流を行うことによって、会員相互の理解と友情を深め、国際的視野にたった両国間の親善と友好を深めるものです。

熊本青年会議所では、国内は福井県福井市を拠点とする「公益社団法人 福井青年会議所」、国外ではマレーシアの「丹絨武雅(タンジュンブンガ)国際青年商會」、台湾の「仁徳国際青年商会」と姉妹JC締結を行っております。

姉妹JCメンバーとは定期的に交流を行っており、お互いの地域を行き来したり、全国規模の大会や海外での大会で合同懇親会を開催する等、交流を行っています。

熊本・延岡間を結ぶ九州中央自動車道の早期実現の為に、2010年より、宮崎県延岡市を拠点とする「一般社団法人 延岡青年会議所」と共同事業を開催しております。

メンバーの交流やお互いの地域で共同事業を実施し、熊本・延岡両市での九州中央自動車の必要性を両市民のみなさまに知っていただく共に、両市の若い世代の交流を目的とした事業を開催しました。

近年では、熊本市・延岡市の児童の交流を図ったタグラグビー大会や街頭での署名活動など、地域間交流や建設促進のための活動を行っています。

熊本青年会議所は、全国に692ある青年会議所のひとつです。そして、全国にあるこれらの各地青年会議所の総合調整機関として、「公益社団法人日本青年会議所」があります。

また、各地青年会議所の連携・連絡調整機関として、47都道府県ごとにブロック協議会が、ブロックの連携・連絡調整機関として地方ごとに10の地区協議会が組織されています。

熊本青年会議所は、九州地区協議会並びに九州地区熊本ブロック協議会に属しています。日本青年会議所は九州地区協議会、熊本ブロック協議会にも委員会等の組織があります。

それら委員会に出向することによって、全国各地・九州地区・熊本県内の各地青年会議所メンバーと交流することができます。